Fyllingen Idrettslag ble stiftet i 1946, med fotball og skøyter som fokus. Handball har vært med siden slutten av 40-tallet. Med Ove Helgesens oppfordring i 1965, startet primus motor Eldrid og Magne Oksholm gruppen for fullt, og kunne skilte med 90 medlemmer etter ett år. I 1972 stilte Fyllingen med 9 lag, og Eldrid Oksholm tente alle damelagene. Spilletid i hall var mangelvare, men allerede i 1974/75 sesongen kunne Tove Sundsbak stille på juniorlandslaget. 

I 1982 var handballgruppen en av de største i byen, med 18 lag. Damene var nå i 2 divisjon, og skulle forbli der, etter årsmøtevedtak. Herrene var fortsatt i 4 divisjon, men skulle også opp i høyere sfærer. I 1986 var målet oppnådd og de stod i 2 divisjon. G18 vant klubbens første NM-gull i 1987, med bronse (95) og sølv ( 86 ) på veien. Flere spillere deltok på juniorlandslaget.   

Ved inngangen til 90-tallet, var status 23 lag, med 17 aldersbestemte. 

Herrene var i eliteserien fom 1992/93 sesongen, og Ivica Rimanic kom inn som hovedtrener. Sesongen sluttet med en 3. plass, men etter sesongen 94/95 og en flytting til Haukelandshallen, var klubben nesten konkurs.

I 1996 ble Framohallen gitt klubben som en 50- årsgave av Framo-konsernet, og var ferdig i 1998.

I 1999 ble Vidar Gjesdal hentet inn, som spillende trener og er fremdeles med i FyllingenBergen som daglig leder. 

I 2004/05 spilt klubben seg opp til kvartfinale i Challengers Cup, og fikk sin første bronse som seriemedalje. 

Jan Stankiewicz og Anders Fältnes kom inn fra Sverige i 2006/07, og avsluttet sesongen med en 4. plass. 2007/08 ble det NM - finale, men med tap. Svend Magnus Pettersen var tungen på vektskålen som gjorde seriegullet vårt,  i 2009.  

Klubben har spilt sammenhengende elitehandball for herrer, siden opprykket i 1997. Meritter er bl.a følgende Seriemester 2008-2009, sluttspillgull 2009-2010 og NM-gull 2012-13 ( FBE ).

Følgende herrespillere har vært innom A-landslaget som Fyllingenspillere:

• Terje Haugstvedt

• Morten Haugstvedt

• Jarle Rykkje

• Vidar Gjesdal

• Magnus Dahl

• Thomas Drange

• Sven Magnus Pettersen

• Henrik Grøneng Nilsen

• Andreas Geitrem

• Eirik Hugaas Ofstad

• Espen Holand

• Eivind Tangen

• Harald Reinkind

• Kristian Bjørnsen

FyllingenBergen

Elitesatsingen for herrer ble skilt ut fra Fyllingen Håndball midtveis i 2010. Dette skjedde ved at Fyllingen Håndball Elite (kalt «FyllingenBergen») ble opprettet som egen klubb under Fyllingen Idrettslag alliansen.

I 2018 hentet Fyllingen Handball Bredde tilbake "Rekruttlaget" fra FB, som var et partnersamarbeid mellom Fyllingen, Bønes og Kjøkkelvik, og etablerte det som et satsningslag i 2 divisjon.